I due termini, spesso usati come sinonimi, presentano una sottile differenza di significato.
Il microbioma identifica il genoma, cioè il patrimonio genetico, di tutti i microorganismi (batteri, virus, funghi) presenti in un determinato ambiente o organismo. Ad esempio, nel corpo umano.
Il microbiota identifica specifici microorganismi (es: batteri) presenti in uno specifico ambiente, come un distretto del corpo umano (microbiota intestinale, microbiota della pelle ecc.).
Usare microbioma e microbiota come sinonimi, in modo liberamente intercambiabile, non è un errore imperdonabile, ma è tecnicamente inesatto, quindi.
Fonti:
Microbiome vs Microbiota (via Fios Genomics)